Испытывая потребность в кладбищенской церкви, в первые годы своего существования Глинковское использовало церковь Николая Чудотворца, расположенную на Глинках, точнее, один из её приделов. На территории кладбища церковь построена приблизительно в 18 столетии, во второй его половине. Это была первая Богородская церковь, она обветшала к 1830 году. Поэтому староста А.И. Попов-Тестов выступил с инициативой собирать средства прихожан на строительство новой. Выстроен был Рождество-Богородицкий собор, существующий и поныне. В 1916 году архитектурный ансамбль кладбища дополнен часовней над захоронением Николая Рындина, местного юродивого.
Просуществовало Глинковское кладбище не очень долго. Погост был расположен слишком близко к жилым домам, поэтому основано было Богородское кладбище, названное по имени кладбищенского храма. Это главное кладбище города с 19 века. В первую мировую войну тут хоронили солдат, которые были убиты или умерли в госпитале. Кладбище закрыто в 1937 году, хотя даже во вторую мировую на нём всё ещё проводились захоронения. Много ленинградцев-блокадников тоже было захоронено на этом некрополе. Богородское кладбище в ХІХ веке покоило в себя прах самых известных и почитаемых граждан города. Это могилы юродивого Рынина Н.М., умершего в 1837 году, известного археолога Суворова Н.И. (1816—1896) и знаменитого в городе адвоката Спасокукотского Н.И. Находятся здесь и захоронения Дмитриевского П.А. (1851—1899) бывшего генконсула России в Шанхае, основателя Вологодского ремесленного училища Пермякова Д.С. (1835 -1894).
Захоронены здесь также известные люди, проживавшие вдалеке от Вологды, но волею судьбы оказавшиеся на этом погосте.
В 80-х годах ХХ века в городе началось строительство нового моста. При этом была засыпана большая часть кладбища. Надгробные плиты, памятники, хотя некоторые из них представляли историческую ценность, все было уничтожено в процессе стройки.
