Название «Никитское» кладбище получило от названия церковного престола великомученика Никиты. «Московское» оно потому, что расположено у Московских ворот. Это одно из двух кладбищ XVIII века, открытых в городе после правительственного указа, который предписывал проводить захоронения исключительно за городом.

История многих российских погостов корнями своими уходит в XVIII столетие. Тогда высочайший указ повелел не хоронить умерших возле приходских церквей, как это практиковалось раньше. Предписывалось открывать кладбища за городской чертой, ограждать и окапывать их, обязательно строить на них церкви.