Во второй половине ХІХ столетия кладбище оградили каменной оградой с деревянными решётками. С восточной стороны ограждение было сплошным. В ограде имелось двое ворот, чтобы на кладбище можно было проехать. В конце столетия недалеко от церкви построили часовню-усыпальницу Серафима Саровского.
В годы советской власти, установившейся с 1918 года, кладбище использовалось по назначению – для захоронения умерших жителей города. Массовые расстрелы проводились за кладбищем, в овраге.
В тридцатых годах, как известно, советская власть стала проводить массовые репрессии. Православное духовенство в полном составе отправлялось на север, на Соловки. Великий Устюг стал перевалочной базой для ссыльных, ожидавших этапа. В Успенском соборе соорудили нары в шесть ярусов. Людей не кормили, они постоянно умирали от голода и холода, особенно те, кого выслали из южных районов. Сваленные на телегу трупы вывозили за кладбище и сваливали в ров. По свидетельству очевидцев, хоронили, таким образом, по нескольку десятков умерших за один раз. Безымянные братские могилы хранят останки многих абсолютно невиновных людей, расстрелянных по разным абсурдным обвинениям.
На этом месте по настоянию церковников в 2004 году воздвигнут поклонный крест.
Уникальная ситуация сложилась с могилой Алексия Бельковского. Арестовывая 95 летнего старца, его выносили на простыне, потому что передвигаться самостоятельно он уже не мог. В тюрьме он, естественно, скоро скончался. Тело выдали, разрешили похоронить, что странно. Потому что в большинстве случаев можно только приблизительно узнать место захоронения репрессированных, а тут даже могила сохранилась до наших дней.
Сохранились на кладбище также немногочисленные захоронения ХІХ века. Сейчас некрополь переполнен, поэтому было открыто новое городское кладбище.
