Объектом исследования этого раскопа стал некрополь церкви Богоявления, точнее, его участок, который прилегает к стене её южного придела. Построена церковь была, согласно летописным данным, в 1443 году. Предполагается, что те, кто захоронен в этой части её некрополя, имели высокий социальный статус. 23 ненарушенных погребения, найденные здесь, тщательно исследованы, а также как минимум 12 переотложенных. Найденные материалы будут переданы для антропологических исследований. Они помогут выяснить о погребённых некоторую информацию: их половозрастной состав, состояние здоровья, тип сложения, предполагаемый внешний облик.
В 1701 году церковь Богоявления была засыпана грунтом и погребена под земляным укреплением Псковской крепости в связи с её реконструкцией. Казанский ХІІІ раскоп обнаружил фундамент её южного придела, это даёт возможность определить, какие размеры имел храм. Именно здесь – в южном приделе – проводились богослужения после его засыпки. Продолжалось это, похоже, не долго, по просьбе Никифора Ямского. У этого тульского купца в палатах проживал Пётр І, пока шла реконструкция Псковской крепости.
Во время исследования расположенного там некрополя было обнаружено, что в большинстве его погребений присутствуют кресты из различных материалов – латуни и бронзы, а также из оловянно-свинцового сплава. Из них два украшены цветной эмалью. В слое некрополя встречались медные монеты, фрагменты стекла, слюды. В самих же захоронениях сохранились остатки одежды погребённых, но они фрагментарны: в основном пуговицы или остатки погребальной обуви.