К началу ХХ века кладбище имело условно несколько частей, по вероисповеданиям: православная часть, иудейская, протестантская, старообрядческая и римо-католическая (или польская). Правда, захоронения протестантов встречаются и на польском кладбище, а старообрядцев – на православном. Самая большая часть была православной, отделена от католической она была только дорожкой. Католическая же состояла из польской и немецкой, у которых был один караульный.
Порядок на кладбище обязано было поддерживать духовенство, о его успехах в этом деле говорит газета «Иркутские ведомости» за 25 сентября 1858 года. В её статье написано о «возмутительных беспорядках», обломанных и полуразрушенных памятниках, о свободно гуляющих по кладбищу коровах. В результате были приняты меры по приведению кладбища в порядок, и они имели временный успех.
С 1883 года не раз поднимался вопрос о том, чтобы закрыть Иерусалимское кладбище в связи с его ненадлежащим состоянием, но закрыто оно было только при советской власти и полностью уничтожено. Захоронения на кладбище продолжались до 20-х годов ХХ столетия, правда, их было очень мало. В городе тогда было уже 6 кладбищ, Иерусалимское из них самое запущенное, хоть и находилось в центре города. Его разрушенные памятники и ограды никак не выглядели городским украшением, не раз его собирались снести и соорудить на его месте что-нибудь другое. Шла речь о ботаническом саде, но у властей отсутствовали средства. Это немного отсрочило разорение кладбища, но не на долго.
В 1932 году было принято постановление переоборудовать кладбище под парк культуры. Его передали в ведение Горлесземтреста, который тоже средств не имел. Кладбище тем временем разграблялось, памятники разбирались, всё разрушалось и расхищалось совершенно безнадзорно. Этому пытались противостоять иркутский историк Манассеин, сотрудники краеведческого музея, но безрезультатно.
В 1957 году, 13 июля, на месте Иерусалимского кладбища открыли парк культуры.
