Сначало монастырь находился на мысе Пур-Наволок. В 1419 году был разорён норвежцами, но был восстановлен на прежнем месте. В протяжении двухсотен лет был одним из центров Российского Севера. В 1584 г. по указу царя Ивана Сурового воеводы Нащокин и Залешанин в течение года выстроили вокруг монастыря древесную крепость, нареченную Новые Холмогоры, которая и отдала начало Архангельску. Пятиглавый соборный храм был воздвигнут в 1685-89 гг. по благословению владыки Афанасия, фактически в одно время с кафедральным собором в Холмогорах.
Сначала 1920 г. монастырь был закрыт, судьба последнего настоятеля игумена Десидерия и насельников неведома. 20 июня 1920 г. Административным отделом Архангельского губисполкома Михаило-Архангельский собор монастыря был передан «общине Перво-Михайло-Архангельского церковного прихода», настоятелем которого стал протоиерей Василий Аристов; в 1922 г. настоятелем был священник Димитрий Федосихин, духовный отпрыск св. Иоанна Кронштадтского. В итоге кампании по изъятию церковных ценностей из Михаило-Архангельского собора было изъято более 2 пудов серебра и других ценности. 20 июля 1924 г. контракт губисполкома с приходом собора был расторгнут, община ликвидирована, в 1924 г. в соборе служили обновленцы, в 1925 г. он был закрыт и передан областному Институту общественного перевоспитания. Постройки обители использовались для хозяйственных целей, монастырские колокола были отданы на переплавку.
В 1930 году собор, колокольня и часть ограды с башнями были разобраны. Позже пропали и другие монастырские строения, сейчас территория монастыря застроена домами.
В текущее время ведётся восстановление Архангельского собора, правда, в современных формах.
