Правоверная община храма была организована и зарегистрирована в 1991 году, через год после канонизации Иоанна Кронштадтского. В 1995 году приход возглавил юный священник Игорь Зубко, и община получила для богослужений полуразрушенное здание. В маленький срок здание было отреставрировано, и 2 января 1996 года свершилась 1-ая служба. Последующие 2 с половиной года в храме проходили постоянные богослужения, но сразу вёлся поиск земляного участка для строительства нового храма.
И, как обычно, не вышло без маленького чуда. В один прекрасный момент в храм зашла дама и, не скрывая собственного удивления, поведала историю о том, как ещё в 60-е годы она знала 2-ух стариков братьев, которые в протяжении многих лет прогуливались молиться в лесопитомник. На вопрос: «зачем они прогуливаются сюда?» — братья отвечали, что пройдет время, и на этом месте будет храм. И эта уже немолодая дама разлюбезно указала нам это место, которое оказалось пустырём.
— Веб-сайт храма
Община занялась оформлением документов, нужных для строительства храма на этом участке, и к началу 1998 года все нужные разрешения были получены. Для временного совершения богослужений на местности стройки был установлен жд вагон. К озари 1998 года был заложен фундамент нового храма и начато строительство стенок. В здание храма были заложены мощи Луки Крымского. К 2000 году на храме была устроена крыша и на центральном куполе установлен крест. После погибели в 2002 году мелитопольского бизнесмена Олега Олексенко, бывшего одним из основных спонсоров строительства храма, работы замедлились, но скоро финансирование строительства продолжила семья Олега Олексенко.
2 января 2005 года, в денек памяти праведного Иоанна Кронштадского, храм был освящён архиепископом Запорожским и Мелитопольским Василием. В храме повсевременно проходят работы по отделке интеръера и росписи стенок. Устанавливается иконостас с резными королевскими воротами, осуществляется отделка лепниной колонн храма и икон.
В конце 2008 года было начато строительство храмовой колокольни, а 26 ноября 2009 года колокольня уже была увенчана куполом и крестом. В тот же денек в первый раз заиграли 8 колоколов, установленных на звоннице.
