История
В 1568 году Чуркинский полуостров был передан во владение Астраханскому Троицкому монастырю.
В XVII веке Чуркинский учуг перешёл во владение Астраханского Спасо-Преображенского монастыря.
В 1670-х годах тут появился новый необыкновенный насельник. Как повествует монастырское предание, принимавший роль в экзекуции священномученика Иосифа митрополита Астраханского, палач Ларька, жегший его на костре, внезапно получил вразумление через болезнь, и, поняв, что наказан за грехи, удалился от всех сюда, в низовье Волги, выкопав для себя пещеру на бугре, стоявшем близ учуга. Получив за то, что истязал привязанного к бревну (чурке) святителя, прозвание Чурки, этот прошлый палач, так и остался в памяти народной с этим именованием. Подвизавшись многие годы в посте и молитве пещерник Чурка скончался тут, и погребён был монахами.
С сих пор прямо за ним и другие подвижники стали рыть пещеры в бугре. Сначала XVIII века и саму Никольскую церковь перенесли на «Высокую гору», как в народе называли Чуркинский бугор, за его приемущество над всеми другими холмами в окружении. Так за монастырём закрепилось заглавие Чуркинского.
В 1762 году при Астраханском епископе Мефодии (Петрове) Чуркинская пустынь из подворья Спасо-Преображенского монастыря перевоплотился в самостоятельную обитель. При всем этом же архиерее пустынь пережила собственный 1-ый расцвет. Были выстроены каменный Никольский храм и каменная ограда с 4-мя башенками.
При монастыре был обеспеченный виноградовый сад и огромное стадо из лошадок местной «Архиерейской» породы. Процветание обители длилось до 1806 года, когда рыболовные воды, принадлежащие ей, были отобраны в казну. Монастрырь обеднел, так что шли дискуссии о необходимости его предстоящего существования.
В 1854—1867 годы настоятелем был архимандрит Паисий, при котором в монастыре был выстроен Успенский собор и были возвращены монастырские рыболовецкие воды. Архимандрит Паисий был воспитанником Глинской пустыни и стал приводить утомившись Чуркинского монастыря в соответствие с её уставом. Богослужение тут начиналось в два часа ночи и продолжалось до пополудни, монахи не имели никакого имущества, и жили в полном повиновении настоятеля и старцев. Чуркинский монастырь в годы его расцвета ассоциировали с Оптиной пустынью. Сначала XX столетия было около 150 человек.
То, что начал архимандрит Паисий, было продолжено при архимандрите Македонии (Жирове) (1900-1914), также выходце из Глинской пустыни, который привёз с собой на Чурку несколько 10-ов монахов. Также этих монахов посылали в другие астраханские мужские монастыри, для укрепления в их монашеского духа.
В 1910 году при монастыре был основан Иоанно-Предтеченский скит, настоятель его иеромонах Досифей (Кузьмин) позднее последний архимандрит монастыря, был старец высочайшей жизни, молитвенник.
В 1919 году монастырь был закрыт.
В 1930 году были снесены колокольня и собор, кирпич от которых возили в поселок им. Володарского для строительства рыбокомбината. Сломали в то время и все строения скита, и огромную часть построек в монастыря.
В бывшем монастыре потом размещались то интернат, то санаторий, то туберкулёзная поликлиника. Последней в оставшихся от монастыря помещениях, находилась психбольница, которую закрыли сначала 1990-х годов.
Весной 2004 года началось возрождение монастыря.
При монастыре действует Дом временного пребывания для алкоголе- и наркозависимых. Подопечные прибывают в монастырь по направлению от храма Казанской иконы Божией Мамы г. Астрахань, трудятся на повиновениях, получают от монастыря питание и рабочую одежку.
16 июня 2013 году в монастыре вышло убийство. Попросившийся на проживание незнакомец убил 1-го из послушников за отказ дать прикурить.
В июле 2014 года в храме бывшего монастыря мироточила икона. В октябре мироточила уже 21 икона.

Общий вид Чуркинского монастыря. 1894 год