Основан сначала XV века св. архиепископом Симеоном и преп. Саввой Вишерским, ранее основавшим Саввин монастырь на реке Тьме в Тверской области. Перед гибелью он провозгласил нового игумена — Андрея..
В часовне монастыря длительное время хранился крест, водружённый преп. Саввой. В 1460-х годах тут было составлено «Житие Саввы Вишерского», одним из создателей которого стал игумен монастыря Геласий Тут же Пахомий Логофет составил службу святому Савве. Над мощами преп. Саввы святитель архиепископ Иона выстроил своим иждивением каменную церковь Покрова Богородицы.
В конце XV века Савво-Вишерский монастырь был пожалован землей от Славенского конца Торговой стороны Новгорода из собственного кончанского фонда.
При игумене Дорофее по приказу царя Ивана Сурового была устроена в 1574 году рака преп. Савве. В 1662 году была построена каменная Вознесенская церковь (заместо прежней древесной) и каменная церковь во имя преп. Саввы. В том же году каменная церковь Покрова, в какой сохранялись мощи преподобного, разрушилась, и древесная рака была повреждена (по преданию, образ чудотворца Саввы, вырезанный сверху раки на доске, остался цел). Эта церковь была скоро перестроена, образ возобновлён в 1668 году, а в 1670 году сооружена новенькая рака.
Вознесенский собор Один из сохранившихся фрагментов кладкиВ монастыре принял постриг св. Палладий Роговский.
В 1764 году монастырь оказался посреди тех, которые были закрыты Екатериной 2-ой. Но благодаря иеромонаху Вяжищкого монастыря Варлааму (бывшему поручику отставного гвардии Измайловского полка Василию Павловичу Глазатову) и монаху такого же монастыря Иоасафу — дворянину Ивану Ивановичу Аничкову — монастырь через семь лет , был опять возобновлён, а потом поновой отстроен, украшен и увеличен в местности. Монахи Иоасаф и Варлаам один за одним стояли во главе монастыря, а после погибели были похоронены в соборной церкви.
В конце августа 1915 года в монастыре располагают насельниц (около 200 человек) эвакуированного Рижского Свято-Троицкого дамского монастыря и его филиала Спасо-Преображенской пустыни во главе с игуменией Сергией (Екатерина Мансурова). Иноков временно расселяют в другие монастыри близ Новгорода.
В 1930-х годах закрыт.
Современное состояние
Монастырские постройки существенно пострадали в военные годы. Вознесенский собор был адаптирован под слесарные мастерские, силосную башню и хранилище молока. В ещё сохранном виде он простоял как минимум до 1974 года. До 1974 года в превосходном состоянии сохранился и Береговой (настоятельский корпус). Позднее все постройки были разобраны на кирпич.
Сейчас от монастыря в буквальном смысле не осталось камня на камне. На его месте в 1992 году была поставлена часовня. Неподалеку от неё можно узреть два уцелевших куска по-видимому соборных столпов.
