Основан в первой половине XVI века иеромонахом Феодоритом, ревностным распространителем христианства меж лопарями. Первым настоятелем в Ново-Печенгском монастыре был иеромонах Иона, ученик праведного Трифона. В 1590 году сюда были переведены иноки разорённого Печенгского-Троицкого-Трифонова монастыря.
Указом царя Фёдорвея Иоанновича от 1591 года, монастырь разместился за стенками Кольского острога, при приходской Благовещенской церкви, на местности Кольского монастырского подворья.
В 1701 году в монастыре было 13 монахов. Из письма настоятеля этого монастыря к архиепископу Афанасию видно, что в этом году монастырем было отправлено за границу 12 752 шт. сушеной трески, 2,3 тонны жиру и 2470 шт. сёмги. Монастырь этот также чтился богомольцами и местным популяцией.
В 1724 году в Коле насчитывалось 3 церкви: Святой Троицы, Успения Божией Мамы и святых апостолов Петра и Павла.
В 1764 году монастырь упразднён и причислен к Кольскому собору. Манифестом от 26 февраля такого же года императрица Екатерина II объявила отмененными все прежние достоинства монастыря.
На начало XX века от монастыря осталась только кладбищенская церковь при городке Коле.
