Монастырь был основан св. Феодоритом Кольским, который и возглавлял его с 1548 по 1550 годы.
2-ое заглавие — Кокуев — появилось благодаря одноимённому монастырю во имя Рождества Пресвятой Богородицы, который находился на полуострове при входе в Порью губу; в 1563 году он ещё упоминается в летописях, а в 1570 году во время Басаргина правежа окончил своё существование. Старцы из Кокуева монастыря перебрались в новый в Кандалакшский.
Жители монастыря занимались рубкой леса, ловлей рыбы, охотой, солеварением, монастырю принадлежали морские тони, покосы, леса, варницы, речки Лувеньга, Колвица и третья часть реки Нивы. При монастыре жило несколько 10-ов фермеров, которые работали на монастырских промыслах.
В 1589 года монастырь и крестьянские дворы были разграблены и сожжены финским отрядом из Остерботнии, подданными шведского короля. (всего погибло 450 человек).
В. И. Немирович-Данченко записал от старика деревни Кандалакша предание о затонувшем колоколе Коккова (Кокуева, Кандалакшского) монастыря.
Богатая обитель была. Братин больше трёхсот человек числилось. Богачества – невесть сколько. Счёту в их монахи не знали. Что утвари этой, что злата, камения самоцветного, и не пересчитать!... Скота, угодий – ну, как паны Соловки… Стояла эта обитель – и вдруг прошёл слух, что швед идёт на неё. Иноки на данный момент скот угнали в горы, сокровища свои все закопали, колокола бросили в реку и завалили их каменьями. И доныне на деньке реки Нивы, в Куйке, показываются уши огромного колокола… Позже стали молиться Богу. Ожидать – пождать.… Приходит неприятель – в обители литургия шла. Швед этому не внял. Всех иноков перебил. Священник выходит с дарами – его рогатиной, диакона тоже. Только старца 1-го придушить запамятовали, так господь ему такую силу отдал, что после он один всех триста иноков схоронил и сам на засыпанной могиле помер. Монастырь шведы сожгли и убрались восвояси… И доныне здесь мерещится различное. В зимние ночи слышно точно пение, согласное такое, да старинное. Старики сказывают, что здесь и видения бывают различные. Да не такое сейчас время, праведники не являются…Монастырь был поновой отстроен, но в 1591 году был вновь разграблен шведами.
В 1615 году монастырь разгромлен литовцами. В августе 1658 года вновь появилась опасность шведского вторжения, которое, но, было предотвращено стрельцами, присланными с Двины.
В XVII веке в монастыре равномерно упраздняется солеварный промысел: с возникновением на рынке более дешёвой соли-пермянки, соль-морянка становится очень нерентабельной.
В 1742 году «по скудости и неумению братии и служителей» монастырь был закрыт, два его храма превращены в приходские.
Сейчас на месте, где когда-то стоял монастырь, поставлен древесный крест.