История
До основания монастыря на полуострове была правоверная Нятина пустынь.
Основан в 1520 году карельским святым Ионой (отпрыском новгородского посадника Иваном Климентьевым).
При нём были построены древесные Никольский и Троицкий храмы. Сам Иона не принял поста настоятеля, оставшись обычным монахом. Погиб в 1534 году, похоронен у стенок храма во имя святителя Николая.
В 1613—1614 году монастырь пострадал от набега шведов.
До 1664 года настоятельство было игуменским, после — строительским.
В 1709 году сгорел Никольский храм. В 1712 году был поновой отстроен Троцкий храм. В 1714 году построена Сретенская церковь (перестроена в 1843 году и освящена во имя Святителя и Чудотворца Николая). На средства императрицы Елизаветы была построена каменная церковь во имя Святых праведных Захария и Елизаветы (вновь освящена после ремонта в 1840 году). В этой церкви находилась гробница Ионы Клименецкого.
С 1764 года — заштатный монастырь, с 1769 года — упразднён. С марта 1772 г. церкви монастыря переданы в ведение Сенногубского прихода.
В 1833 году монастырь восстановлен первым епископом Олонецким и Петрозаводским Игнатием в руководстве управляющего Олонецким архиерейским домом Ионы. Игнатий пожертвовал часть собственного имущества в монастырь, написал очерк по истории монатыря.
По проекту и под управлением олонецкого губернского конструктора В. В. Тухтарова в 1853 году были проведены работы по восстановлению построек монастыря.
23 апреля 1860 года монастырь получил самостоятельность.
В 1876 году при монастыре открыта спасательная станция, которую возглавлял настоятель.
В 1884 году монастырь посетил величавый князь Владимир Александрович.
Монастырь был одним из мест паломничества богомольцев из Петрозаводска.
В 1901 году по инициативе благочинного, архимандрита Варнавы была открыта школа грамоты, в 1902 г. перевоплощенная в церковно-приходскую школу. В 1903 г. ее покровителем стал величавый князь Константин Константинович.
5 апреля 1902 года обитель пострадала от пожара.
В 1905 году в монастыре была освящена древесная церковь во имя преподобного Ионы Клименецкого.
В 1906 году — преобразован в дамский. В Первую мировую войну монахини монастыря сотрудничали с Общероссийским союзом помощи нездоровым и раненым воякам.
В 1920 году постройки монастыря переданы местному совхозу, позже в для мастерских дома инвалидов, пионерскому лагерю.
Перечень настоятелей
игумены:
Прохор (1520) Иона (1520—1534) Дионисий (около 1540) Кирилл (1547) Прохор (1565) Мисаил (1568) Тихон (1582—1583) Филипп (около 1590) Иона (1591) Варсонофий (1593—1596) Герман (1599) Киприан (1600—1611) Геннадий (1611—1612) Акакий (1615) Арсений (1617—1628) Герасим (1628—1632) Аркадий (1632—1638) Варлаам 1 (1639—1642) Иоасаф 1 (1643—1647) Игнатий (1648) Илия 1 (Лопарев) (1649—1660) Гедеон (1661—1664)строители:
Иоасаф 2 (1664—1675) Илия 2 (1676) Феодосий (1677—1688) Филипп (1682) Сергий (1689) Варлаам 2 (1690—1694) Александр (1695—1707) Илия 3 (1707—1725) Корнилий (1727—1748) Федор (Козьмин), священник Пафнутий (1765) Иоасаф 3 (1756—1762) Пафнутий (1765—1769) Адриан (1846‑1854 г.) Владимир (1854) Ираклий (с 1854 по 1875), игумен с 1865 г. Самуил (1890-е гг.) Иероним (1890-е гг.) Варнава (Накропин), игумен (1899—1905) Симеон (1905—1906) Христина (1907—1909) Евгения (1909—1913) Маркелина (1913—1915) Маргарита (1916—1918)