Монастырь основан 26 декабря 2003 года по благословению патриарха Алексия II на базе строящегося храма в селе Петропавловка Хабаровского района.
Решение о строительстве монастыря на берегу озера, которое на данный момент носит заглавие Петропавловского было принято Святейшим Синодом ещё во времена Русской империи, но строительство было заморожено в 1905 году.
Спустя практически 100 лет к идее постройки монастыря возвратились, строительство возобновилось. В 2004 году был закончен храм во имя святых апостолов Петра и Павла, построенный по эталону одной из новгородских церквей XII века и имеющий высоту 28 метров. Сразу с храмом были построены и другие монастырские постройки.
Сейчас в монастыре живут монахини. Огород и домашний скот при монастыре обеспечивает их фактически всем нужным. Два раза в денек, с утра и вечерком, монахини совершают крестный ход вокруг монастырского храма. Раз в неделю из Хабаровска приезжает священник для проведения богослужений.
Монастырь относится к Хабаровской и Приамурской епархии, считается принципиальным центром православия в регионе.
