Размещался в 6 км (по дореволюционным данным - 7 милях) от городка Твери, в полуверсте к югу от шоссе на Санкт-Петербург. Основан меж 1584 - 1595 годами на пустоши Шевякова, назван по имени речки Малицы, огибавшей монастырь с севера и запада и впадавшей в реку Межурку - приток Волги. Около 1675 года монастырь вполне сгорел. По преданию, после пожара в пепле отыскали только образ Святителя Николая с обожженной задней стороной, но с неповрежденным ликом. Эта икона размером 5,5 вершков х 4,5 вершка была обширно известна и популярна посреди обитателей г. Твери в XIX - начале XX вв. как Чудотворная икона Святителя Николая.
Решением Священного Синода от 23 июня 2008 года монастырь в д. Николо-Малица Калининского района был воссоздан, наместником монастыря назначен иеромонах Борис (Тулупов).
