В VI—VII веках на местности храма уже была епископская кафедра. В перечне епископских кафедр 602—610 годов упоминается Цаишская епархия в Лазике. Самым старым грузинским монументом, который упоминает Цаишское епископство, является надпись на каменном кресте X—XI веков, где около имени царя Баграта упоминается и Цаишский епископ Ефрем.
Вначале паствой храма было население меж Хобисцкали и Энгури, от Чёрного моря до Унагирского хребта. После того, как Драндский, Моквский и Бедийский епископаты были ликвидированы, население Самурзакано также стало частью паствы Цаишского епископа.
Современный купольный Цаишский храм был построен меж XIII—XIV веками. Ранее на этом месте была бескупольная базилика X—XI веков. Понятно, что с XI века до 1823 года было 20 Цаишских епископов, посреди которых более важны Малахия Гуриели (1612—1639) и Григол Чиковани (1777—1823).
Епископ Малахия известен тем, что после разрушительного землетрясения 1614 года на сто процентов вернул и обновил Цаишский храм. Епископ Григол известен тем, что смог заручиться поддержкой Кации III Дадиани и возвратить церкви отнятые феодалами земли. Не считая того, он выстроил вокруг церкви стенку и колокольню. В 1823 году Русское правительство устранило Цаишское и другие мерельские епископства. С того времени до 1879 года тут был монастырь. Монастырь был одним из основных мест распространения образования, потому что при нём работала школа.
С приходом большевиков в Грузию, монастырь был закрыт и заброшен. В 1989 году, с благословения Католикос-патриарха Грузинского Илии II, монастырь был восстановлен. С 1989 года до собственной кончины храмом управлял дьякон Амиран Шенгелия, который похоронен около южных ворот. На сегодня предстоятелем храма является дьякон Забулон Кобалиа.
