Открыто в 1929 году. Названо по имени жд станции и пристанционного посёлка, основанных в конце XIX века неподалёку от Юзовки и носящих имя известного русского геолога и путника Мушкетова И. В. На вновь открытое кладбище были перенесены более ранешние могилы с ликвидированных кладбищ Сталино (Юзовки)..
Во время оккупации Донецка шурф шахты № 4-4 бис стал местом экзекуции и братской могилой. Из 360 метров глубины ствола шахты 305 метров были завалены трупами 10-ов тыщ человек. После освобождения городка останки 52 человек были похоронены на Мушкетовском кладбище в Мемориальной братской могиле.
Охотники за металлом в 2002 году разграбили 76 памятников на кладбище, посреди которых монументы доктора Богославского и поэта Летюка.
26 июня 2007 года на кладбище заложили место для строительства поминальной часовни в честь Всех святых и Поклонного Креста.. Но, в процессе строительства было принято решение выстроить не часовню, а храм. 8 августа 2010 храм Всех Святых и Поклонный Крест в память о погибших вояках были освящены.
На кладбище прогуливаются графиковые маршруты пассажирского транспорта Донецка: № 28 АС «Крытый рынок — Мушкетовское кладбище — АС Буденновская», № 74-б «АС Центр — Горсвет — Щетинина». В Фомино воскресенье по распоряжению донецкого городского совета вводятся дополнительные маршруты пассажирского транспорта Донецка: «АС Крытый рынок — Мушкетовское кладбище», «АС Центр — Горсвет — Мушкетовское кладбище», «ул. Щетинина — Заперевальная — Мушкетовское кладбище», «ул. М. Ульяновой — Мушкетовское кладбище».
Официально кладбище объявлено закрытым для новых захоронений. Делаются исключения только для подзахоронений и ранее зарезервированных участков.
На кладбище находится надгробный монумент работы Н.А. Гинзбурга, который работники музея еврейского наследства Донбасса считают первым в Донецке монументом жертвам Холокоста.
Кладбище находится в коммунальной принадлежности. ООО «Ритуальные услуги» арендовало сервис кладбища на 49 лет.
Известные личности, похороненные на кладбище
Байдебура, Павел Андреевич (1901—1985) — писатель, председатель правления Донецкой организации союза писателей Украины. Богославский, Владимир Матвеевич (1888—1953) — хирург, доктор Гинзбург, Наум Абрамович (1909—1991) — архитектор. Корнилов, Дмитрий Владимирович (1962—2002) — журналист Летюк, Евген Николаевич (1929—1976) — русский украинский поэт Литвиненко, Леонил Михайлович (1921-1983) — русский химик-органик, академик АН УССР. Овнатанян, Каро Томасович (1902—1970) — узнаваемый хирург, доктор. Поперека, Миша Степанович (1910-1982) — генерал-лейтенант внутренней охраны, долголетний начальник УВД Донецкой области, пятикратный кавалер Ордена Красноватого Знамени.Герои Русского Союза:
Гаркуша, Кузьма Дмитриевич (1917-1983) — майор, лётчик-истребитель. Заикин, Сергей Яковлевич (1914-1984) — старший лейтенант, лётчик-штурмовик. Харитонов, Петр Тимофеевич (1916-1987) — полковник, лётчик-истребитель.Герои Социалистического Труда:
Аристов, Миша Константинович (1915-1972) — почётный гражданин городка Славянска Бардагов, Жора Тимофеевич (1905-1982) — управляющий треста «Огнеупорнеруд» МЧМ УССР Болоцкий, Дмитрий Алексеевич (1927-1984) Млодецкий, Константин Станиславович (1907-1968) — горный инженер, начальник шахты № 5-бис «Трудовская» треста «Сталинуголь». Потапов, Александр Яковлевич (1911-1984) — начальник комбината «Артемуголь». Прокопьев, Дмитрий Степанович (1907-1975)Воины-интернационалисты:
Вовк, Сергей Иванович (1963-1983) — рядовой, кавалер ордена Красноватой Звезды, умер при выполнении международного долга в Афганистане. Гуделенко, Дмитрий Леонидович (1963-1984) — младший сержант, умер при выполнении международного долга в Афганистане. Голобородько, Олег Евгеньевич (1964-1984) — рядовой, кавалер ордена Красноватой Звезды, умер при выполнении международного долга в Афганистане. Довгуля, Валентин Николаевич (1962—1986) — лейтенант, командир группы спецназа, кавалер ордена Красноватого Знамени, умер при выполнении международного долга в Афганистане. Киреев, Валентин Игоревич (1947-1987) — подполковник, двукратный кавалер ордена Красноватой Звезды, умер при выполнении международного долга в Афганистане. Кулешов, Сергей Григорьевич (1965-1984) — гвардии рядовой, кавалер ордена Красноватой Звезды, умер при выполнении международного долга в Афганистане. Пластовец, Александр Алексеевич (1960-1984) — лейтенант, кавалер орденов Красноватого Знамени и Красноватой Звезды, умер при выполнении международного долга в Афганистане. Ремесник, Александр Викторович (1959-1980) — младший сержант, кавалер ордена Красноватой Звезды, умер при выполнении международного долга в Афганистане. Романов, Игорь Анатольевич (1963-1983) — сержант, кавалер ордена Красноватой Звезды, умер при выполнении международного долга в Афганистане. Остапенко, Виталий Григорьевич (1930-1969) — гвардии майор, кавалер ордена Красноватой Звезды и ордена "Звезда Чести" (ОАР), умер при выполнении международного долга в Египте.