С 1942 года и на протяжении всей войны тут проводились погребения советских воинов, умиравших в эвакогоспиталях Томска от ран. Военные захоронения располагаются на двух участках. Вдоль центральной линии кладбища и возле главного входа выделено 300 могильных холмиков, каждый из которых венчает стела. На стелах указаны имена и воинские звания захороненных. Всего военных захоронений здесь находится 939, из них известны только 674 фамилии.
В братской могиле захоронены 20 курсантов Томского артучилища, которые погибли, исполняя служебные обязанности. Пётр Николаевич Ефремов, участник войны, разведчик, Герой Советского Союза, умерший в 1976 году, тоже похоронен здесь.
Когда в 1959 году Преображенское кладбище было закрыто, часть его захоронений перенесли сюда, на Южное. Перезахоронены были о. Дмитрий (Беликов), томский архиерей, и А.В. Шишков, председатель Томской губчека, академик, профессор Усов М.А.
В 1960 году при кладбищенском входе установлен монумент: скульптура солдата со скорбно склонённой головой. С этого времени на кладбище действует мемориал, открытый в честь 15-летия Победы. Кладбище работало как основное городское до 1962 года. За это время здесь похоронены были многие выдающиеся люди города, в том числе преподаватели местных вузов, профессора, академики Вершинин Н.В. , Кузнецов В.Д., Савиных А.Д. и другие.
В 1966 году Томский горсовет решил, что Южное, оно же Вокзальное, оно же Коларовское кладбище должно считаться мемориальной зоной. Его занесли в реестр объектов, подлежащих особой охране. Архитекторы Яковлев Н.К., Новиков В.Р. стали разработчиками проекта реконструкции кладбища в 1975 году. Реконструирована была часть кладбища, которая находится на возвышенности, справа от главной аллеи.
Мемориал обновлён в 2010 году. Поставлен скульптурный памятник – фигура воина из бронзы. В сентябре текущего года останки ещё двух уроженцев Томской области – участников Великой Отечественной захоронили на этом некрополе.
