Так продолжалось на протяжении сорока лет, с 1796 года, пока в 1834 году протоиерей Введенской церкви не обратил на это внимание вышестоящих церковных властей. В результате с 1836 года функционирует церковь Святителя Митрофана. От её имени пошло название кладбища – Митрофановское.
Кладбище предназначалось поначалу для захоронения усопших жителей города. Поэтому отличается оно демократичностью, можно встретить здесь захоронения дворянские и мещанские, ремесленнические и чиновничьи. Надгробия тоже не блещут изысками и роскошью, в основном это кресты или плиты, хотя встречаются и пирамиды, обелиски, колонны. Все они отличаются простотой и скромностью.
На территории кладбища, к западу от церкви, в братских могилах захоронены воины Советской Армии, умершие в госпиталях города во время войны. В центре мемориала возвышается чёрный мраморный обелиск, установленный на братской могиле 138 воинов. Находится здесь и братское захоронение 172 австро-венгерских солдат.
В земле Митрофановского кладбища нашли вечное успокоение многие заслуженные люди города. Герои Советского Союза, Социалистического труда, почётные граждане, деятели науки и культуры. В 1953 году на Митрофановском кладбище похоронена Елизавета Николаевна Бибикова, умершая в возрасте 80 лет. Это внучка Натальи Николаевны Пушкиной. Её внучка установила памятник на могиле Елизаветы Николаевны в 2003 году и каждый год проводит панихиду в её память. Близкие люди, которые обычно присутствуют на таких панихидах, вспоминают при этом и Наталью Николаевну, и Александра Сергеевича Пушкиных. Так в Пензе появилось «пушкинское место», хотя великий поэт и не побывал в этом городе.
С мая 1973 года кладбище закрыто для захоронений, но разрешены родственные подзахоронения. Если за оградой ранее почившего близкого родственника найдётся место для ещё одной могилы, то такие захоронения проводятся. Бывает такое достаточно редко, за 2008 год, например, сделано 98 захоронений. Тем не менее, кладбище продолжает медленно, но увеличиваться в размерах. Если в 1924 году его площадь составляла около 5 гектаров, то в 1995 – через 22 года после закрытия – 13 га и пока что такой и остаётся. Кладбище законсервировано.