По легенде монастырь был основан чёрным старцем Иоанном. На всю Воронежскую губернию монастырь славился скотоводством и числился одним из самых богатых.
В 1762 году Троицкий Битюцкий монастырь был разграблен разбойниками, практически вся братия побита.
В 1764 году в процессе реформ Екатерины II по секуляризации церковных земель Троицкий Битюцкий мужской монастырь, как и ряд других монастырей, был закрыт.
Сейчас территория упразднённого монастыря находится в Аннинском районе Воронежской области.