Разрешение на строительство францисканского монастыря в Москве отдал ещё в 1705 году Пётр I. Благодаря этому в XVIII веке в Москве сформировалась и некое время просуществовала маленькая францисканская община.
С августа 1993 года в Москве открыта миссия конвентуальных францисканцев и францисканская община, а с 30 марта 1996 года действует монастырь Св. Франциска Ассизского. Гвардиан (настоятель монастыря) — брат Адам Новак. 21 февраля 2001 года решением Генерального капитула Ордена три русских францисканских монастыря (в Москве, Санкт-Петербурге и Калуге) подчинены Русской генеральной кустодии Святого Франциска Ассизского.
Монастырь размещается по адресу: Шмитовский проезд, д. 2А.
