Монастырь был основан старцем Гурием в 1608 году, в последние годы земной жизни св. прп. Трифона Вятского. По данным краеведа О. Н. Виноградова, монастырь был основан ещё ранее — в 1602 году иеромонахом Хлыновского Успенского монастыря Нафанаилом. Василием Шуйским монастырю были даны на оброк «дикое раменье» (целинные земли), покосы и рыбные ловли. Монастырь начал селить на этих замлях фермеров. В 1662 году на монастырских землях насчитывалось 82 крестьянских двора, в 1678 году — 176 дворов, а в 1722 году уже 369 крестьянских дворов с 1612 душами в их.
В 1764 году, в процессе секуляризации церковных земель, земли монастыря были отобраны, но сам монастырь был оставлен в качестве штатного. В 1769 году монастырь сгорел, а монахи были переведены в Слободской Богоявленский монастырь, который был после чего переименован в Крестовоздвиженский.
Верхочепецкий монастырь, и вятские окружные монастыри в целом, сыграли важную роль в освоении и заселении новых земель. Конкретно они расчищали лес, раскрывали новые пашни, осваивали покосы, приглашали фермеров. Не считая того, велика роль этого монастыря и в просвещении местного населения — удмуртов, в проповеди им православия.
