История
В 1316 году св. Кирилл Челмогорский, постриженник новгородского Антониева монастыря, избрал для неизменного проживания гору Челму в чудских землях. Первую зиму он прожил в пещерке, потом выстроил древесную келию и часовню. К концу жизни св. Кирилла вся местная чудь была крещена. Для новообращённых преподобный выстроил храм в честь Богоявления. Скончался св. Кирилл 8 декабря 1368 года. Через 10 лет после погибели св. Кирилла, в 1378 году Кирилло-Челмогорский монастырь был основан иеромонахом Арсением.
В XV веке была воздвигнута новенькая Богоявленская церковь с приделом великомученицы Екатерины.
Иоанн Суровый пожаловал монастырю пашенные земли, сенные покосы, леса, озёра и маленькие речки, повелел отписывать монастырю часть каргопольских доходов. Есть сведения, что в Кирилло-Челмогорский монастырь была сослана одна из жен Ивана Сурового. В 1599 году в монастыре были против воли пострижены супруга Дмитрия Курлятева-Оболенского и две его дочери.
В 1612—1615 годах монастырь пару раз опустошался литовцами.
В 1633 монастырю была выдана грамота митрополита Новгородского и Великолуцкого Киприана с благословением на строрительство 2-ух храмов — Богоявления Господня и Благовещения Богородицы, в 1637 году — ещё одна грамота с благословением на строительство третьего храма над Святыми воротами во имя Великомученицы Екатерины.
Церковь св. Екатерины не упоминается в документах после 1656 года (видимо, сгорела). В 1674 году взамен спаленной Благовещенской построена Успенская церковь. Не считая того, монастырь имел своё подворье в Каргополе.
В 1727 обедневший Кирилло-Челмогорский монастырь был приписан к Спасо-Каргопольскому. В 1732 году монастырь получил независимость, в 1751 — опять приписан к Спасо-Каргопольскому. В 1764 году согласно манифеста Екатерины II Кирилло-Челмогорский монастырь был упразднён. Два монастырских храма стали приходскими.
В 1844—1845 годах на месте старенького Богоявленского храма усердием негоцианта Миши Николаевича Лыткина построен новый Богоявленский собор с приделом во имя св. Кирилла Челмогорскаго. В 1845 году строения бывшего монастыря были приписаны к Александро-ошевенскому монастырю.
В 1880-х годах Челмогорский монастырь получает относительную (хотя официально и не подтверждённую) самостоятельность. В 1880 и 1887 годах монастырь мучается от пожаров. В 1897—1899 годах Богоявленский храм вновь перестраивается. В 1904 году указом Святейшего Синода монастырь официально получает самостоятельность.
В 1917 году по благословению Митрополита Петроградского Вениамина строится в Петрограде подворье Челмогорской Кирилловской Богоявленской пустыни. В июне 1918 года в Петроградском подворье освятили часовню во имя преподобного Кирилла Челмогорского и священномученика Ермогена. В феврале 1918 года Кирилло-Челмогорский монастырь приписан к Труфановскому сельскому обществу.
В 1932 году после арестов духовенства и монашествующих Кирилло-Челмогорский монастырь совсем ликвидирован. В 1932—1934 годы разобраны древесные монастырские строения, в том числе церковь Успения Божией Мамы.
На данный момент от бывшего монастыря остались руины. В 2005 году епископ Архангельский и Холмогорский Тихон освятил неподалёку от бывшего монастыря поклонный крест в память преподобного Кирилла Челмогорского.
