Основано в 1771 году, как и многие московские кладбища, во время эпидемии чумы по указу императрицы Екатерины II. Заглавие своё получило от села Даниловского, более известного как Даниловская слобода. В 1829—1838 годы по проекту конструктора Фёдорвея Шестакова и при инициативном участии столичного негоцианта Семёна Логиновича Лепёшкина взамен обветшавшей древесной церкви построен новый каменный храм Сошествия Святого Духа. Здание церкви выдержано в стиле ампир. Имеет два придела: 7 херсонских священномучеников и Успения Святой Анны. В 1900-х годах церковь перестроена по проекту конструктора Н. Д. Струкова. К юго-западу от неё находится церковь Николая Чудотворца, вначале построенная как часовня-памятник Николаю Гребенскому и освящённая в 1901 году.
До 1917 года на кладбище хоронили приемущественно ремесленников, мещан и негоциантов. В русское время являлось одним из мест погребения православного духовенства. С 1940 года ведется архив по регистрации захороненных (вся информация ранее срока считается утраченной).
В 1965 году сооружен мемориал на братской могиле воинов, погибших в Величавой Российскей войне (архитектор А.Н. Туманов). На кладбище имеется широкий мусульманский участок захоронений.
Адресок: город Москва, 4-й Рощинский проезд, дом 10. Современная площадь: 35 га.
